北京城是元代開始設計建造的，但元代以前的北京地區的住宅沒有留下多少遺跡，現存最早的四合院遺址是元代的“后英房”。到明代建都北京后，開始大規模規劃建設都城，四合院與北京的宮殿、衙署、街區、坊巷和胡同就成為北京城特色的城市文化建筑標志了。

　　清朝定都北京后，大量吸收漢文化，承襲了明代北京城的建筑風格，對北京的居住建筑四合院也予以了全部繼承。清王朝早期在北京實行了旗民分城居住制度，令城內的漢人全部遷到外城，內城只留旗人居住。這一措施使內城的第宅得到進一步調整充實。

　　清代最有代表性的居住建筑是宮室式第宅，這就是官僚、富商們居住的大中型四合院。清代是北京四合院發展的巔峰時期。自清代后期起，中國逐漸淪為半封建半殖民地社會，北京四合院的發展也逐步開始衰落。

　　清末至民國初年，在外族入侵和西方文化滲入的影響下，北京傳統住宅建筑也受到一定影響。這個時期建造的四合院，受“西學東漸”之風影響較深的人為標榜自己為“新派”代表，也有一些在宅內興建“洋樓”的例子。

　　總而言之，這時北京的傳統民居基本保持了明清型制。到了抗戰時期，民不聊生，北京很多獨門獨院的居民沒有能力養更多房子，只好將多余的房子出租。獨門獨戶的四合院開始變成多戶雜居的大雜院，四合院的居住性質發生了變化。

　　新中國成立以后，北京傳統四合院在使用上出現了根本性變化。由于所有制的變更，很多遺留下來的王府、宅院由私產變為公產，成為國家機關、學校、醫院、工廠、幼兒園、俱樂部等公用住房，四合院固有的文化建筑被人所改造。一些仍作為住宅用的院落，變為多戶居住的“大雜院”。這些用途變化，使四合院再難保持昔日的深邃、安謐、幽雅和溫馨，四合院被分割、改造、瓜分成了普遍現象。

　　文革后，北京城市發展總體規劃中確定了四合院保護方針，使上述惡化趨勢有所控制，但緊跟而來的大規模舊城改造與四合院的保護出現了尖銳矛盾，建設性破壞時有發生，由于社會快速發展，現存四合院不足原來的十分之一了。